在当前农村多元化扶贫开发格局中，扶贫工作还面临三个方面的挑战：

1.贫目标未能精确瞄准

部分地方扶贫官员试图通过少量的扶贫资金来塑造缺乏区域经济带动作用的扶贫形象工程而非扶贫惠民工程。这并未实质上解决贫困农户的可持续发展问题。此外，“撒胡椒面”式的扶贫项目使得扶贫资金过去分散，难以精准落实到贫困农户手中，从而难以形成产业集聚效应和规模效益，抑制了扶贫资金的效果。

2.如何防止贫困的代际传递，对特困儿童还有死角

我国对于儿童贫困问题的关注仍处于起步阶段，还没有真正意义上针对儿童的福利政策。贫困儿童的问题主要体现着营养和教育方面。一方面由于贫困家庭所处地理环境、气候等外部因素，另一方面由于贫困家庭收入低，导致贫困儿童营养不良现象突出。此外，扶贫部门偏重于将扶贫资金用于产业项目而忽视教育扶贫的作用。当前我国农村贫困地区的农户及其子女的受教育水平保持低水平状态，农村难以通过知识更新、素质教育的渠道来贯彻科教兴农的战略。农村贫困地区缺乏高素质人力资源来支持高效农业和现代工业及服务业。

3、扶贫工作主体单一化

农村扶贫的资金筹措主要由各级政府负责，这虽然有利于利用政府的强大动员能力来提升扶贫效果，但却导致扶贫工作主体的单一化。部分地方政府希望借助市场机制引入外部社会力量，但他们缺乏管理社会组织的能力，缺乏引导社会组织参与的配套政策准备，使得社会力量难以为农村扶贫事业贡献力量。