畜禽养殖粪污集中化处理明显加快。我国相继出台了《畜禽规模养殖污染防治条例》、《畜禽养殖业污染物排放标准》、《畜禽养殖业污染防治技术规范》等法规和标准。农业部门针对畜禽粪污处理，先后开展了全国畜禽标准化规模养殖和沼气工程建设等项目，使得规模养殖场粪污处理设施条件明显改善，粪污处理能力明显提高。针对周边配套农田面积不足、污水产生量大且处理费用高的传统养殖场，从源头减少污水产生，并通过污水氧化塘处理后就近农田利用和固体粪便堆肥处理后异地利用的方式，实现养殖场粪污减量和资源利用。在周边配套农田、山地、果林或茶园充足的养殖场，养殖粪水经过沼气处理或氧化塘处理后的肥水浇灌农田、固体粪便堆肥后还田或种植经济作物等，通过畜禽废弃物的资源化利用，实现粪便污水的零排放和有机物、氮磷等营养物质的循环利用。

秸秆综合利用有序推进。2013年全国秸秆总产量为9.64亿吨，可收集资源量8.19亿吨。当年全国秸秆利用量约6.22亿吨，综合利用率达到76%，其中肥料化、饲料化、能源燃料化、原料化、基料化分别占29%、27%、13%、4%和3%，剩余的秸秆被废弃，其中部分被焚烧。目前，农业部门正积极推进秸秆全量化利用措施，先期以解决秸秆禁烧为目的，统筹区域内秸秆全量利用。此后，依据市场与技术发展，引导秸秆全量利用向更科学与合理的方式进行。如江苏泗洪县车门乡，在可消纳秸秆的基础上，剩余秸秆通过配备农机农艺融合措施全部进行还田处理，以解决秸秆禁烧压力；江苏省太仓市通过新建秸秆育苗基质、裹包青贮饲料、生物质成型燃料以及秸秆科学还田等工程，引导秸秆全量科学利用。

地膜残膜污染治理力度不断加大。自2012年开始，国家发展改革委、财政部、农业部联合在我国地膜用量大、残留污染严重的地区启动了农业清洁生产示范项目，重点支持废旧地膜回收网络和再加工利用，建立了“推广加厚地膜—人工或机械捡拾—分点收集转运—再生加工再利用”治理模式。2012～2014年，国家累积投入近6亿元，在新疆、甘肃等10个省（自治区）的180个县市开展了地膜回收利用项目，新增回收加工能力13万余吨，新增地膜回收面积5000余万亩。此外，农业部于2015年起开展了全生物可降解地膜的试验示范工作，为从根本上解决地膜污染探索新的路径。

尽管农业面源污染治理在局部地域、单个领域取得了明显成效，但是，从总体上看，污染加剧恶化的趋势并没有得到根本扭转。这是由于我国农业生产压力大，20多亿亩耕地，每年都不休息地工作；我国农业面源污染治理起步较晚，目前引起水域富营养化的程度和广度已经远远超过发达国家；由于我国的特殊国情，我们把畜禽粪污、秸秆、地膜以及农村生活污水等纳入到农业面源污染防治领域。同时，我们还面临着面源污染理论研究不够、污染负荷估算模型缺乏、面源污染治理技术有待成熟、面源污染防治配套政策尚需完善等问题。我国农业面源污染治理难度远超发达国家。