在涉农财政资金投入方式改革方面，中国社科院财经战略研究院副研究员汪德华告诉《经济参考报》记者：“清理整合规范涉农转移支付，是和我国整体的财政转移支付制度改革密切相连的。我国专项转移支付过多、过滥长期为各界所诟病。”汪德华称，清理整合专项转移支付是我国财税改革的一个重点。事实上，专项转移支付的很多问题集中出现在农业财政补贴上，而农业资金投入主要问题则是多头投入。“对基层来说，做一件事，其资金往往来自多个部委。小、散、乱、碎片化现象严重。”

正因为涉农财政资金问题频频，审计部门也将对涉农财政资金的审计作为重点工作之一。以今年5月中旬南通市审计局发布的审计报告为例，南通市如东县7个南通市级高效设施农业项目存在以旧替新、合并申报、提前拆除等违规骗补行为，涉及县、市两级财政补助资金近400万元。

此外，一位西部地区某县农业局工作人士告诉记者，上级政府下拨给基层的专项转移支付资金用途规定得太细，而上级政府并不十分了解当地的具体情况，往往出现需要钱的地方没有钱，错位现象明显。“而且专项转移支付还需要地方配套资金，对于存在财政困难的地方，让其提供配套资金无异于加重负担。”专家认为，对地方具有管理信息优势的支出，划入一般性转移支付切块下达，给地方更多资金使用的支配权，有助于提高资金使用绩效。

汪德华还表示，从农户角度看，现行绝大多数补贴都侧重于激励其迅速提高产量，这种资金导向可能导致农户滥用农药、降低土壤肥力，“大量使用农药化肥，确实能保障一两年内粮食产量增长，但是长远看有损粮食安全。”汪德华称，农业补贴的方向具有引导性作用，不容忽视。